Nachdem ich hier geschrieben habe,
dass SMB nicht gut mit meiner Nextcloud zurechtkommt (oder eher anders herum), habe ich auf SFTP umgestellt und seitdem diesen Fehler regelmäßig bekommen:
Can't get app storage, app files_external, user not logged in
User xyz still has unscanned files after running background scan, background scan might be stopped prematurely
Dazu muss ich sagen, dass SFTP aber nicht die Probleme der leeren Ordner hervorruft, wie es bei SMB der Fall war. Ich kann hier problemlos in den Ordnern navigieren und es werden mir auch die Größe der Ordner korrekt angezeigt, bis auf in dem eingebundenen Speicher, der das Problem verursacht hat.
Das Ganze konnte ich beheben, indem ich in /var/www/nextcloud:
sudo -u www-data php files:scan --unscanned --all --verboseeingegeben habe.
Denn jetzt konnte ich sehen, dass occ einen bestimmten Pfad nicht scannen konnte, ein Teil des Codes lautete: Exception during scan: Invalid path:
Ich habe dann, da es sich um eine Sicherung von mir handelte, einfach den betroffenen Überordner in ein ZIP Archiv verpackt und erneut gescannt.
occ files:scan hängt sich nämlich offensichtlich auf und scannt dann nicht den nächsten Ordner in dem externen Speicher, sondern den nächsten externen Speicher, das kann beim gleichen oder beim nächsten Nutzer sein.
Nach dem erneuten Scan sind keine weiteren Fehler aufgetreten und jetzt bekomme ich auch keine Fehlermeldungen.
occ files:scan hängt sich bei bestimmten Pfaden gelegentlich auf und spuckt dann verwirrende Fehlermeldungen aus.
Ich kenne die Ursache nicht, es könnte aber an einem Namen, der Pfadlänge oder irgendwelchen Dateiberechtigungen einer bestimmten Datei/eines Ordners auf meinem NAS gelegen haben.
Natürlich ist das Verpacken in eine ZIP Datei nicht immer eine Lösung, hoffentlich könnt ihr jedoch mit dem obrigen Befehl rausfinden woran es hängt und selber troubleshooten.