Um einen Container auf ein anderes System zu migrieren, müsst ihr im Endeffekt nur folgendes tun:
Den Container auf dem anderen System neu aufsetzen, stoppen und dann an den Volumes/Bind Mounts die Daten eurer ursprünglichen Systems dorthin übertragen.
z.B. wenn ihr Nginx-Proxy-Manager migrieren wollt, befinden sich alle dafür nötigen Daten in den Verzeichnissen /data und /letsencrypt. Unter Portainer z.B. könnt ihr dann einsehen, wo die jeweiligen Daten dafür auf dem Host-Betriebssystem liegen.
Das könnte dann /home/user/letsencrypt und /home/user/npm_data sein. Die Inhalte der Ordner auf dem neuen System löscht ihr einfach, ihr habt ja eh noch nichts damit eingerichtet. Von dem gestoppten Ursprungssystem kopiert ihr dann die Ordner jeweils aufs neue System und startet anschließen den neuen Container.
Falls ihr dann wie für NPM Portfreigaben zum alten System hattet, müsst ihr die natürlich jetzt auf das neue System umstellen.
Stellt auf jeden Fall sicher, dass ihr vorher Backups macht und auch testet, ob das neue System funktioniert, bevor ihr das alte abschaltet.